FONDECO trabaja en cuatro ecoregiones de Bolivia, comprendiendo 5 Departamentos: en el Trópico Húmedo del Departamento de Santa Cruz, en el Chaco de los Departamentos de Santa Cruz y Chuquisaca, en los Valles Interandinos de los Departamentos de Cochabamba, Chuquisaca y Tarija y en el Altiplano del Departamento de La Paz.

En la actualidad, se opera con una oficina central en la ciudad de Santa Cruz con 17 agencias de las cuales 15 son agencias rurales fijas y 2 móviles.